医用隔离变压器的N线（中性线）和PE线（保护接地线）是否连通，取决于所采用的接地系统类型。在TN-S系统中，N线和PE线是分开的，从变压器开始就分别走线。这种设计确保了在正常工作情况下，PE线不带电且与大地保持等电位，只在发生接地故障时通过故障电流。

然而，在TN-C-S系统中，N线和PE线可以共用一根导线，但从某点分为N线和PE后不应再合并或相互接触。这意味着在某些情况下，N线和PE线可能会在某个节点上分开，但整体上仍然保持一定的连通性，以便在发生故障时能够有效地将电流导向地面。

因此，如果医用隔离变压器采用的是TN-S系统，那么N线和PE线是分开的，不会违反接地原则。如果采用的是TN-C-S系统，虽然N线和PE线在某些节点上分开，但整体上仍然保持一定的连通性，这也不违反接地原则。总之，是否违反接地原则取决于具体的接地系统类型和设计要求。